Das Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene des UKE (Prof. Dr. Martin Aepfelbacher und Prof. Dr. Nicole Fischer) und die Forschungsgruppe Virus Genomik & Technologieplattform Hochdurchsatzsequenzierung des HPI (Prof. Dr. Adam Grundhoff) haben gemeinsam ein sequenzbasiertes SARS-CoV-2-Überwachungs- und Frühwarnsystem etabliert.

Die Plattform baut auf Forschungsarbeiten aus der Virusgenomik auf, die UKE und HPI bereits seit mehreren Jahren in Patientenproben durchführen. Nun werden UKE und HPI für sechs Monate von der Freien und Hansestadt Hamburg mit rund 377.000 Euro gefördert.

Vor dem Hintergrund der Ausbreitung von Varianten mit gesteigerter Übertragbarkeit und möglicherweise erhöhter Fähigkeit zur (Re-)Infektion genesener oder geimpfter Personen ist eine systematische Gesamtüberwachung von SARS-CoV-2-Mutationen von großer Bedeutung. Mit Unterstützung der Hansestadt Hamburg werden dazu in den kommenden sechs Monaten circa 4.000 der in Hamburg auftretenden SARS-CoV-2-Fälle sequenziert. Die Sequenzdaten werden mit Hilfe computergestützter Methoden analysiert und anschließend durch ein gemeinsames UKE/HPI-Expertenteam bewertet, um frühzeitig die Ausbreitung bereits bekannter, aber auch die Entstehung möglicher neuer Mutationen erkennen zu können.

Seit Beginn der Corona-Pandemie haben UKE und HPI mehr als 1.700 SARS-CoV-2-Genome sequenziert und analysiert. Die Sequenzdaten wurden in einem systematischen Querschnitt aller beim UKE eingegangenen SARS-CoV-2-Proben erhoben, um die Viruseinträge in Hamburg zu überwachen, die Ausbreitung von SARS-CoV-2 zu verfolgen und insbesondere die genetischen Veränderungen des Erregers in der Metropolregion genauestens zu beobachten und zu bewerten. Von Hamburger Gesundheitsämtern und -behörden beauftragte Sequenzanalysen konnten darüber hinaus bereits einen wichtigen Beitrag bei der Untersuchung lokaler Ausbrüche in Krankenhäusern, Schulen und Pflegeheimen leisten.

Die Hamburger Virusgenomik-Surveillance-Plattform ist auch bundesweit ein wichtiger Bestandteil der Erhebung von SARS-CoV-2-Sequenzdaten. Die Daten werden entsprechend der Bundesverordnung CorSuRV, die seit dem 18. Januar 2021 in Kraft ist, auch an das Robert Koch Institut (RKI) weitergeleitet.