Mit zwei neuen Primer-Sets erleichtert Roche die Gensequenzierung der menschlichen Schlüsselgene TET2, CBL, KRAS und RUNX1, die bei verschiedenen Leukämie-Typen und anderen Krebsarten des blutbildenden Systems verändert sind. Die Primer, maßgeschneiderte Oligonukleotide, kennzeichnen die entsprechenden Genabschnitte und vereinfachen so deren Vervielfältigung und anschließende Sequenzierung mit den Geräten GS FLX und GS Junior von Roche.

"Krebserkrankungen des Blutes zeigen sehr verschiedene Subtypen, deren Charakterisierung mit traditionellen Ansätzen schwierig sein kann", erläutert Thomas Schinecker, Präsident von 454 Life Sciences, einer Tochterfirma von Roche. "Wir freuen uns, eine Lösung anbieten zu können, die die Stärken unserer GS FLX und GS Junior Systeme nutzt und eine bessere Charakterisierung der genetischen Varianten in Leukämieproben ermöglicht." Bisher übliche Untersuchungsmethoden wie die traditionelle Kapillarsequenzierung, zellgenetische oder zellmorphologische Techniken sind kostenintensiv, zeitaufwendig und oft nicht detailliert genug. GS FLX und GS Junior hingegen machen Next Generation Sequencing im Hochdurchsatz mit langen Leseweiten von mehreren Hundert Basen möglich.

Durch den Einsatz von GS FLX oder GS Junior in Kombination mit den Primer-Sets "GS GType RUNX1" und "GS GType TET2/CBL/KRAS", das drei Gene betrachtet, weisen Forscher genetische Veränderungen schneller und weit unterhalb der Nachweisgrenze der traditionellen Kapillarsequenzierung nach. So erhalten sie beispielsweise Hinweise auf den Krebstyp, auf den Krankheitsverlauf sowie auf die minimale Resterkrankung (MRD) bei akuten Leukämien, die durch noch vorhandene Krebszellen nach einer Therapie charakterisiert wird.

Die neuen Primer-Sets wurden in Zusammenarbeit mit dem Münchner Leukämielabor MLL (www.mll.com) entwickelt und dort ausführlich getestet. "Wir tragen gerne dazu bei, dass Assays von bei uns untersuchten Leukämie-Genen auch anderen Laboren zur Verfügung stehen, und haben daher früh mit Roche über Lösungen gesprochen", betont Dr. Alexander Kohlmann, Leiter der Abteilung für Next-Generation Sequencing in der MLL Münchner Leukämielabor GmbH. "Es erleichtert unsere Laborabläufe jetzt sehr, mit den vorgefertigten Assays zu arbeiten", unterstreicht Kohlmann.

Die Primer-Sets GS GType TET2/CBL/KRAS und GS GType RUNX1 sind die jüngsten Ergänzungen des Angebots an spezifischen Tools für die Sequenziersysteme GS FLX und GS Junior. Das Primer-Set GS GType TET2/CBL/KRAS ist aus der IRON-Studie (Interlaboratory Robustness of NGS)¹ hervorgegangen. Zum Lieferumfang der Sets gehören Primerplatten, Protokolle und eine spezielle Analysesoftware. Letztes Jahr brachte Roche das Primer-Set GS GType HLA (Humanes Leukozyten-Antigen) zur hochauflösenden HLA-Genotypisierung auf den Markt. Das Unternehmen plant, das Angebot an Assays für die Virologie, Onkologie und Immunologie weiter auszubauen.

Literatur

Kohlmann A et al. Leukemia. 2011; 25(12): 1840-8.