Infektionskrankheiten haben einen hohen Stellenwert für im Krankenhaus behandelte Patienten. In Deutschland werden jährlich 200000 Patienten mit einer ambulant erworbenen Pneumonie, mehr als 150.000 wegen einer Sepsis stationär behandelt.

Hinzu kommt eine sehr viel größere Zahl von Patienten, die z. B. wegen Haut- und Weichteilinfektionen, Exazerbationen einer chronisch obstruktiven Lungenerkrankung, Peritonitis, infektiöser Diarrhöe, komplizierter Harnwegsinfektionen, Reiseerkrankungen und opportunistischer Infektionen bei Immunsuppression stationär behandelt werden. Zusätzlich erkranken in Deutschland jährlich 400 - 600.000 Patienten während eines stationären Aufenthalts an einer im Krankenhaus erworbenen Infektion: am häufigsten sind postoperative Wundinfektionen (24,7 %), Harnwegsinfektionen (22,4 %), untere Atemwegsinfektionen (21,5 %), Clostridium difficile-assoziierte Diarrhöe (6,6 %) und primäre Sepsis (6,0 %). Jährlich sterben in deutschen Krankenhäusern 10-15.000 Patienten an einer nosokomialen Infektion. Es wird angenommen, dass 20-30 % der nosokomialen Infektionen vermeidbar wären. Die Bedeutung von Infektionen im Krankenhaus zeigt auch, dass fast ein Viertel aller Patienten in einer repräsentativen Stichprobe deutscher Kliniken mit Antibiotika behandelt wurden.