Genome-Sequenzer-Technologie: Sicherheit von Transplantationen erhöhen. Forscher an der Columbia University und im Victorian Infectious Disease Reference Laboratory haben ein neues Virus entdeckt, das mit drei Todesfälle von Transplantationspatienten verursacht hat. Das bisher unbekannte Virus, das mit dem lymphozytären Choreomeningitis- Virus verwandt ist, wurde mit der extrem schnellen und sensitiven 454-Sequencing- Technologie von 454-Life-Sciences, einem Geschäftsbereich von Roche Applied Science, aufgespürt. Die Studie mit dem Titel „Discovery and implication of a novel arenavirus in a cluster of fatal transplant associated disease“ ist online im New England Journal of Medicine veröffentlicht. Sie beschreibt, wie die Identifizierung dieses Virus die Sicherheit von Transplantationen erhöhen könnte. Die Ergebnisse der Studie lassen darauf schließen, dass das neue Arenavirus humanpathogen ist, und bestätigen die Eignung der Hochdurchsatzsequenzierung zur Entdeckung von Krankheitserregern.

Das bislang unentdeckte Arenavirus wurde aufgespürt, nachdem drei Organempfänger – alle erhielten Organe desselben Spenders – verstorben waren. Zur Ermittlung der Todesursache wurde die 454-Sequencing- Technologie eingesetzt und das dem lymphozytären Choreomeningitis- Virus und dem Kodoko-Virus ähnliche Virus gefunden.

„Innerhalb weniger Tage hatten wir Hinweise auf die Identität des Virus, das für die Todesfälle der transplantierten Patienten verantwortlich war“, erläuterten Dr. Ian Lipkin, leitender Autor der Studie, und Professor John Snow, Professor für Epidemiologie sowie Neurologie und Pathologie an der Columbia University und Leiter des Center for Infection and Immunity an der Mailman School of Public Health in New York, USA. Das Team gab dieser Untersuchung höchste Priorität und arbeitete eng zusammen mit Forschern aus dem Hochschulbereich und der öffentlichen Gesundheit, nachdem andere Forschungsmethoden versagt hatten.

Dr. Manfred Baier, Geschäftsführer von Roche Applied Science, betont: „Das Genome-Sequencer-System kann schnell neue Viren identifizieren, auch wenn andere Methoden versagen – dies ist ein weiteres Beispiel für das Potential der 454 Sequenzierungstechnologie in verschiedenen Anwendungsbereichen. Die Entdeckung des Virus ist ein wichtiger erster Schritt zur weiteren Erhöhung der Sicherheit von Transplantationen.“

Zwar wurde das lymphozytäre Choreomeningitis-Virus schon früher mit Krankheitsfällen bei Transplantationen in Zusammenhang gebracht, doch unterscheidet sich der neu entdeckte Erreger so stark von bereits bekannten Viren, dass er mit den üblichen Screening und Sequenzierungsmethoden nicht nachweisbar war. Denn diese erfordern eine Kenntnis der exakten Sequenz des vermuteten Pathogens. In den USA werden jährlich über 30.000 Organtransplantationen vorgenommen.

454 Life Sciences entwickelt und vermarktet das innovative Genome- Sequencer-System für die DNA-Sequenzierung im Ultra-Hochdurchsatzverfahren. Zu den spezifischen Anwendungen gehören De-novo-Sequenzierungen und Resequenzierungen von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse und die gezielte Sequenzierung von DNA-Regionen sind von Interesse. Die Technologie zeichnet sich durch eine einfache, fehlerfreie Probenvorbereitung sowie lange, äußerst exakte Sequenzier- Reads, einschließlich Paired Reads, aus. Die 454 Sequencing- Technologie hat zahlreiche von Experten begutachtete Untersuchungen in vielen verschiedenen Forschungsgebieten ermöglicht, so etwa in der Krebsforschung, der Infektionsforschung, Arzneimittelentwicklung, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie und vielen andere Bereichen. Weitere Informationen über die Technologie finden sich unter www.roche-applied-science.com/sis/ sequencing.