Bei der Aufbereitung von Medizinprodukten sollten nur Desinfektionsmittel zum Einsatz kommen, die für diese Instrumente auch geprüft und zugelassen sind. Diverse semi-kritische Medizinprodukte, wie z. B. Kontaktgläser und Tonometerköpfchen (Ophthalmologie), TEE-Sonden (Kardiologie), intrakavitäre Ultraschallsonden (Gynäkologie, Urologie) sowie starre und flexible Optiken (HNO) geraten laut der Deutschen Gesellschaft für Krankenhaushygiene aufgrund unzureichender Aufbereitungsmethoden immer öfter in den Fokus.