Der Erreger des Ebola-Fiebers ist ein Virus aus der Gattung der Familie der Filoviridae (behüllte Einzelstrang-RNA-Viren). Seine Gestalt ist fadenförmig, woraus sich auch sein Name ableitet: filum (lat.) = Faden. Dieser ist 80 nm im Durchmesser und bis zu 14.000 nm lang. Zusammen mit dem Marburgvirus gehört es zu den größten bekannten RNA-Viren und kann unter dem Lichtmikroskop betrachtet werden.

Das Ebola-Virus wurde zum ersten Mal 1976 in Yambuku (Zaire, ab 1997 Demokratische Republik Kongo) entdeckt. Die Gattung wurde nach dem kongolesischen Fluss Ebola benannt.

Der Hauptwirt bzw. Reservoir-Wirt ist bislang nicht sicher bekannt. Die Hinweise verdichten sich, dass die in Afrika weit verbreiteten Flughunde die Infektion übertragen, eine Infektion selbst jedoch überleben. Die WHO geht davon aus, dass eine Übertragung des Virus auf den Menschen auch durch Körperkontakt mit infizierten Tieren wie Affen, Waldantilopen oder eben Flughunden möglich ist. In Afrika ist es übliche Praxis, dass Reservoir-Wirte gejagt und auch verzehrt werden („Buschfleisch").