Die gemeinnützige AGEM fördert die wissenschaftliche Zusammenarbeit mit anderen Arbeitsgemeinschaften, Gesellschaften und sonstigen wissenschaftlichen Organisationen im In- und Ausland auf dem Gebiet der Endometriose. Zu ihren Aufgaben gehören die Entwicklung von Standards und Leitlinien, die Erstellung neuer Aus-, Weiter- und Fortbildungspläne, Lehrprogramme, die Ausarbeitung von Zertifizierungs- und Akkreditierungskriterien sowie die Fortbildung von Ärztinnen und Ärzten auf dem Gebiet der Endometriose. So ist zum Beispiel die „Masterclass Endometriose“, die von Schäfer maßgeblich entwickelt und seit 2019 durchgeführt wird, eine Veranstaltung der AGEM.